Operasi pencarian orang-orang yang hilang berubah menjadi kacau ketika Kakashi Hatake menjadi korban jebakan mencurigakan dan terpisah dari murid-muridnya, Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha, dan Sakura Haruno. Yang memperburuk keadaan, ketiganya disergap oleh ninja misterius yang menangkap Sakura, sehingga memaksa Naruto dan Sasuke untuk mengejar mereka.
Saat kedua pemuda itu terlibat dalam pertempuran berbahaya, bahkan penemuan mengejutkan Sasuke terkait misi tersebut pun tak mampu menghalangi tekad mereka untuk menyatukan kembali tim dan menyelesaikan tugas mereka.
