Saat sedang membahas penyelidikan sensitif A, Raikage Keempat dan para bawahannya disergap oleh seorang penyusup yang berselubung. Saat pemimpin Kumogakure itu menangkis serangan tersebut, ia terkejut saat mengetahui bahwa pelakunya adalah Naruto Uzumaki!
Namun, upaya pembunuhan itu bukanlah satu-satunya kejahatan yang dituduhkan kepada ninja muda tersebut, yang dengan tegas membantah tuduhan tersebut. Untuk menghindari konflik diplomatik, Tsunade secara paksa mengirimnya ke Kastil Houzuki di Kusagakure—sebuah lembaga pemasyarakatan dengan keamanan maksimum yang khusus untuk penjahat ninja—sampai situasi ini terselesaikan.
Meskipun kekuatannya langsung ditekan oleh Mui, kepala penjara yang memiliki kemampuan untuk menyegel chakra, Naruto tetap nekat melakukan upaya pelarian yang sia-sia. Namun, dengan bantuan dua narapidana lainnya, ia menyadari bahwa ada rahasia di balik fasilitas penahanan legendaris ini yang lebih dalam dari yang terlihat. Setelah mengungkap sebuah rahasia mengerikan, ketiganya memulai sebuah operasi berbahaya yang mungkin menjadi satu-satunya kesempatan Naruto untuk melarikan diri dan membuktikan ketidakbersalahannya.
