Summer 2005

Mithril mengetahui bahwa ada sebuah organisasi rahasia yang memiliki teknologi yang mampu melawan ECS (Electronic Cloaking System). Organisasi yang dikenal sebagai Amalgam ini juga memiliki “Teknologi Hitam” yang didapat dari Chidori Kaname, dan lembaga intelijen lainnya. Mereka berniat untuk mendapatkan lebih banyak lagi. Namun, ketika misi Sousuke untuk melindungi Chidori dihentikan oleh Mithril, semua jadi seperti rencana Amalgam…

Kota Munich, Jerman, tahun 1923. Dua tahun telah berlalu sejak Edward Elric diseret dari dunianya sendiri dengan kita semua, meninggalkan negaranya, teman-temannya dan adiknya, Alphonse. Dilucuti kekuasaan alkimia, ia selama ini telah meneliti peroketan bersama-sama dengan Alphonse Heiderich, seorang pemuda yang menyerupai saudaranya sendiri, berharap suatu hari menemukan jalan kembali ke rumah. Usahanya sejauh telah terbukti sia-sia, tapi setelah pinjaman tangan untuk seorang gadis gipsi bermasalah, Edward dilemparkan dalam serangkaian peristiwa yang dapat mendatangkan malapetaka di kedua dunia. Sementara itu, di dunia sendiri, Alphonse Elric usaha lebih dalam misteri alkimia dalam mencari cara untuk menyatukan kembali dengan kakaknya.

Dalam pertempuran yang sengit, para ninja Sunagakure berusaha menangkis serangan tak terduga dari pasukan prajurit berbaju zirah misterius di Negeri Angin. Tak lama setelah itu, pasukan berbaju zirah yang sama—dipimpin oleh Temujin, seorang ksatria terampil dengan kekuatan luar biasa—menyergap Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, dan Shikamaru Nara, yang sedang menjalankan misi untuk menemukan seekor musang yang hilang. Naruto dan Temujin terlibat dalam pertarungan sengit yang berakhir dengan keduanya terjatuh dari tebing.

Terkejut oleh nasib buruk yang menimpa teman mereka secara tiba-tiba, Sakura dan Shikamaru menyaksikan perkembangan mengkhawatirkan lainnya: sebuah struktur raksasa yang bergerak muncul entah dari mana, menghancurkan setiap pohon dan batu di jalurnya. Sementara Sakura berangkat mencari Naruto, Shikamaru menyusup ke benteng yang megah itu dengan harapan mengetahui lebih banyak tentang situasi kritis tersebut.

Terjebak dalam konflik yang tak henti-hentinya, para ninja Konohagakure bergabung dengan rekan-rekan mereka dari Sunagakure untuk mengalahkan musuh bersama. Namun, di tengah kekacauan itu, muncullah pertentangan antara dua visi yang berbeda tentang dunia yang ideal.