Summer 2008

Seekor ikan mas menyelinap pergi dari rumah dan mengapung di belakang ubur-ubur. Setelah terjebak dalam toples kaca, ia hanyut ke pantai tempat ia dibebaskan oleh Sousuke, seorang bocah laki-laki berusia lima tahun yang tinggal bersama ibunya Lisa di sebuah rumah di tepi laut sementara ayahnya Koichi bekerja di kapal penangkap ikan. Setelah menyembuhkan luka di jari Sousuke dengan menjilatinya, ikan mas tersebut dinamai Ponyo oleh teman barunya.

Tidak diketahui Sousuke, Ponyo sudah memiliki nama dan keluarga. Ayahnya Fujimoto, seorang penyihir yang meninggalkan kemanusiaannya untuk hidup di bawah air, dengan panik mencari putrinya, Brunhilde. Ketika ditemukan dan ditangkap, Ponyo menolak nama kelahirannya dan menyatakan bahwa dia ingin menjadi manusia. Menggunakan kekuatan yang diterima dari darah Sousuke, dia menumbuhkan tangan dan kaki dan melarikan diri ke permukaan sekali lagi. Tapi sihir yang dilepaskan ke laut menyebabkan ketidakseimbangan di alam, menyebabkan Bulan mulai jatuh dari orbit dan pasang surut tumbuh semakin kuat. Bersatu kembali dengan Ponyo, Sousuke harus lulus ujian kuno untuk memulihkan ketertiban di dunia dan membiarkan temannya hidup sebagai manusia.

Bulan November Tahun 1989. Shiki bertemu seorang anak bernama Enjou Tomoe yang mengaku sebagai pembunuh. Meski demikian, shiki mengijinkan Tomoe untuk menggunakan apartemennya sebagai tempat persembunyiannya. Suatu hari hal yg mengejutkan terjadi…, Tomoe melihat Ibunya yang seharusnya sudah mati dibunuhnya…

Sebuah kelompok misterius membuat serangan kejutan di Konoha, yang mengakibatkan kerusakan besar bagi Konoha. Mimpi buruk Perang Dunia Shinobi bisa menjadi kenyataan. Sasuke, yang meninggalkan Konoha untuk membunuh saudaranya, Itachi, muncul untuk kedua kalinya dihadapan Naruto di lokasi yang tidak diketahui. 

Natsume Takashi, memiliki kemampuan melihat hal yang tidak bisa orang lain lihat. Dia bisa melihat hal-hal gaib seperti Youkai atau Ayakashi. Suatu ketika dia bertemu dengan seekor kucing yang bernama Madara yang merupakan Ayakashi tingkat tinggi alias kuat.

Natsume memiliki Buku Persahabatan (Yuujinchou) yang didalamnya tertulis nama-nama Ayakashi yang didapatkan oleh neneknya Natsume Reiko, seorang perempuan yang memiliki kemampuan yang sama dengan Natsume. Berbeda dengan Reiko, Natsume berniat mengembalikan nama-nama Ayakashi dalam Buku Persahabatan itu. Bersama dengan Madara yang jadi penjaganya, Natsume mengalami masa-masa dengan Ayakashi lain.

Sahashi Minato adalah orang yang sangat cerdas, namun karena tidak mampu mengatasi tekanan, dia dua kali gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi. Akibatnya dia dicap sebagai orang idiot dan pecundang. Suatu hari karena suatu hal, ia bertemu dengan seorang gadis yang sedang diserang. Gadis itu bernama Musubi, ia adalah Sekirei yang sedang mencari manusia terpilih (Ashikabi) untuk dijadikannya Master. Sekirei adalah 108 orang yang dilahirkan untuk saling bertarung dalam Sekirei Project.