Setelah pertarungan sukses di Menara Tokyo, gadis-gadis Mew Mew menikmati jeda sementara. Sekarang Ichigo Momomiya dan Masaya Aoyama telah mengakui perasaan mereka satu sama lain, Ichigo sangat senang menghabiskan waktu bersama pacar barunya. Namun, istirahat cepat mereka terganggu, dan tak lama kemudian gadis-gadis itu harus bertarung melawan Chimera Anima lagi. Ketika segalanya serba salah dalam pertarungan berikutnya, Ichigo ditempatkan dalam bahaya besar.
Tepat ketika segala sesuatunya terlihat paling suram, Ksatria Biru yang misterius datang dan menyelamatkan Ichigo, menyatakan bahwa dia dilahirkan untuk melindunginya, sebelum menghilang begitu saja. Dengan nasib dunia di pundak mereka dan identitas Ksatria Biru yang dipertanyakan, gadis-gadis Mew Mew harus berusaha untuk menciptakan keseimbangan antara pertarungan melawan alien dan kehidupan pribadi mereka.
