Pertarungan terakhir melawan Tanah Kegelapan terus berlanjut, saat pemain dari seluruh dunia membanjiri server Dunia Bawah dan menjerumuskan Kerajaan Manusia ke dalam kekacauan total. Asuna Yuuki dan teman-temannya mempertahankan sekutu baru mereka dengan segala yang mereka miliki, tetapi jumlah mereka berkurang.
Sementara itu, Alice Zuberg menuju Altar Ujung Dunia sementara Gabriel “Vecta” Miller mengejarnya tanpa henti. Sementara itu, anggota Rath menyusun rencana untuk memulihkan fluctlight Kirito yang rusak. Namun, penyusup yang menempati ruang kendali utama punya rencana lain.
Dikelilingi oleh kematian dan keputusasaan, ketika semua harapan tampaknya hilang, satu suara menjangkau Kirito—suara yang familiar mengatakan, “Aku akan selalu berada di sisimu.” Sword Art Online: Alicization – War of Underworld 2nd Season adalah kesimpulan epik dari mimpi Akihiko Kayaba untuk menciptakan kecerdasan manusia buatan. Sekarang terserah Kirito dan teman-temannya untuk melindungi dunia yang runtuh ini dari orang-orang yang masih menganggap ini hanya permainan.
