Bagian kedua dari seri anime NieR:Automata Ver1.1a. Saat perang mesin berlangsung, Komando YoRHa dan Perlawanan bersiap untuk serangan terakhir yang menentukan terhadap “Machine Lifeforms,” robot-robot militer yang berkeliaran di permukaan bumi. Sementara persiapan sedang berlangsung, YoRHa 9-gou S-gata “9S” dan YoRHa 2-gou B-gata “2B” melanjutkan misi pengintaian tingkat lanjut mereka. Namun, 9S dan 2B berjuang dengan peran mereka masing-masing, kesetiaan mereka satu sama lain, dan kesetiaan mereka terhadap Komando.
Meskipun Adam dan Hawa yang jahat telah dikalahkan, tampaknya mesin-mesin itu belum kalah. Sebuah kehadiran yang tidak menyenangkan dalam bentuk “Gadis Merah” terus mengamati para android dari jauh, menunggu kesempatan yang tepat untuk menyerang mereka.
