Perang Cawan Suci Kelima berlanjut, dan kekacauan yang terjadi kemudian menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhan besar-besaran, bertekad untuk mengalahkannya.
Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui saudara perempuannya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka melawan Shinji, berharap bisa membebaskan Sakura dari pelecehan kakaknya. Tapi kebenaran buruk dari Matou bersaudara mulai terungkap, dan banyak rahasia kelam terungkap.
Fate/stay night Movie: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly terus fokus pada Master dan Servant yang tersisa saat mereka bertarung satu sama lain dengan harapan mendapatkan Holy Grail. Namun, saat kegelapan muncul di dalam Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka bisa berada dalam bahaya.
