Perang Cawan Suci: pertempuran sengit antara penyihir di mana tujuh tuan dan pelayan mereka yang dipanggil bertarung untuk Cawan Suci, artefak magis yang dapat mengabulkan permintaan apa pun kepada pemenang. Hampir 10 tahun yang lalu, pertempuran terakhir dari Perang Cawan Suci Keempat mendatangkan malapetaka di Kota Fuyuki dan merenggut lebih dari 500 nyawa, membuat kota itu hancur.
Shirou Emiya, orang yang selamat dari tragedi ini, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan seperti penyelamat dan ayah angkatnya, Kiritsugu Emiya. Meskipun hanya seorang siswa, Shirou terlempar ke Perang Cawan Suci Kelima ketika dia secara tidak sengaja melihat pertempuran antar pelayan di sekolah dan memanggil pelayannya sendiri, Saber.
Ketika bayangan misterius memulai pembunuhan besar-besaran di Kota Fuyuki, Shirou menyelaraskan dirinya dengan Rin Toosaka, sesama peserta Perang Cawan Suci, untuk menghentikan kematian banyak orang. Namun, perasaan Shirou terhadap teman dekatnya Sakura Matou membawanya lebih dalam ke dalam rahasia gelap seputar perang dan perseteruan keluarga yang terlibat.
