Untuk mendapatkan kebenaran Yukio, Rin memutuskan untuk mencari tahu rahasia asal muasal mereka. Dengan bantuan Mephisto, ia melakukan perjalanan ke masa lalu.
Rin menelusuri jejak ayah angkatnya, Shirou Fujimoto, dan ibu kandungnya, Yuri Egin. Namun, jalan yang mereka ambil ternyata lebih berat dari yang ia bayangkan.
