Dua tahun telah berlalu sejak penggerebekan CCG di Anteiku. Meskipun suasana di Tokyo telah berubah drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, ghoul terus menimbulkan masalah karena mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui semakin besarnya ancaman CCG terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Pasukan Quinx, mungkin memberikan CCG dorongan yang mereka perlukan untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus ghoul, mereka ikut serta dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya tersebut. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah hantu, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus terkenal, Kishou Arima. Namun, ada hal yang lebih dari pemuda ini yang tidak dapat dilihat oleh matanya, karena kenangan tak dikenal mencakar pikirannya, perlahan-lahan mengingatkannya akan dirinya yang dulu.
