Setelah menjalani hari-hari yang damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura mendapati dirinya berada di persimpangan jalan yang krusial, saat sumpahnya untuk tidak pernah mengakhiri hidup diuji.
Setelah pembunuhan mantan komandannya, dia sekarang harus menapaki kembali jalan kekerasan dan darah untuk mengalahkan Makoto Shishio-pembunuh ulung yang menyebut dirinya sebagai penerus Battousai yang terkenal kejam. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah menyusun rencana dengan cermat selama satu dekade, membangun kekuatan militer anti-pemerintah yang tangguh. Sekarang, Shishio telah mengalihkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin prajurit Grup Oniwaban yang legendaris.
Saat Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa yang ditinggalkan oleh pemerintah dan saat ini berada di bawah kekuasaan tangan besi antek-antek Shishio, dia bertekad untuk mencegah negara itu kembali ke dalam perang saudara. Dia bersekutu dengan mantan rivalnya, Hajime Saitou, menjalin kemitraan yang rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.
