Satu tahun setelah kejadian di Sanctuary, Subaru Natsuki berlatih keras untuk menghadapi tantangan di masa depan dengan lebih baik. Hari-hari yang damai berakhir ketika Emilia menerima undangan pertemuan di Kota Watergate Priestella yang tak lain adalah Anastasia Hoshin, salah satu saingannya dalam seleksi kerajaan. Mempertimbangkan pentingnya pertemuan tersebut dan potensi bahaya yang mungkin dihadapi Emilia, Subaru dan teman-temannya menemaninya.
Namun, saat Subaru terhubung kembali dengan rekan dan sahabat lama di Priestella, musuh baru yang tangguh muncul. Didorong oleh motivasi fanatik dan menggunakan cara-cara kejam untuk mencapai ambisi mereka, musuh baru ini mengincar Emilia dan mengancam eksistensi kota. Mengumpulkan sekutu-sekutunya, Subaru harus mengerahkan seluruh kemampuannya sekali lagi untuk menghentikan tujuan jahat mereka agar tidak menjadi kenyataan.
