Yato dan Yukine akhirnya memperbaiki hubungan mereka sebagai dewa dan Regalia. Sebagai dewa kecil dan tidak dikenal, Yato terus bekerja serabutan dengan bayaran lima yen per hari dengan harapan suatu hari nanti ia akan memiliki jutaan pemuja dan kuil agungnya sendiri. Dia belum bisa memperbaiki jiwa Hiyori Iki yang lepas, tetapi dia tetap mempersiapkan diri untuk masuk sekolah menengah.
Ketika segala sesuatunya tampak kembali normal, sejarah yang rumit antara Yato dan Bishamon-dewi perang dan prajurit-muncul kembali. Bishamon menyimpan dendam lama yang misterius terhadap Yato, yang mengakibatkan bentrokan hebat di antara mereka. Untuk memperumit masalah, Regalia Bishamon yang paling tepercaya, Kazuma, berhutang budi pada Yato. Ketika nyawa dipertaruhkan, mengungkap rahasia ini mungkin satu-satunya cara untuk memperbaiki kesalahan di masa lalu.