Berkat teknologi Profesor Yuuko Kouzuki dan kekuatan psikis Kasumi Yashiro, Kadet Takeru Shirogane melakukan perjalanan kembali ke dunia asalnya. Tanpa membuang waktu, Takeru bertujuan meminta bantuan Yuuko di dunianya untuk menyelesaikan proyek Alternatif IV—harapan terakhir umat manusia melawan BETA, spesies alien yang menyerang planet ini. Saat proyek anti-BETA hampir selesai, Takeru dan kadet lainnya lulus dari akademi pelatihan pilot Yokohama.
Namun, selama pengujian sistem operasi baru untuk Pejuang Permukaan Taktis — pakaian tempur raksasa yang digunakan oleh umat manusia untuk melawan musuh mereka — BETA menyergap Takeru dan timnya. Nyaris melarikan diri dengan nyawanya, Takeru dibiarkan trauma setelah menyaksikan kematian kejam salah satu teman dekatnya.
Kehilangan keinginannya untuk bertarung, Takeru melarikan diri kembali ke dunia lain, di mana dia mengalami tragedi serupa. Menurut teori Yuuko, orang-orang dari alam semesta paralel pasti mengalami nasib yang sama. Alhasil, Takeru harus mengatasi traumanya jika ingin melindungi orang-orang yang disayanginya.
