U.C. 0105, dua belas tahun setelah Pemberontakan Char—.
Terhadap Pemerintah Federasi Bumi yang memaksakan penindasan, sebuah organisasi bernama “Mafty” memulai perlawanan melalui metode pembunuhan menteri-menteri kabinet pemerintah. Identitas asli dari pemimpin mereka adalah Hathaway Noa, putra dari Bright Noa yang pernah berjuang bersama Amuro Ray dalam Perang Satu Tahun.
Hathaway teringat akan trauma masa lalunya saat bertemu dengan Gigi Andalucia, seorang gadis yang menunjukkan kekuatan misterius. Meski merasa dipermainkan oleh kata-kata gadis tersebut, Hathaway tetap melanjutkan persiapan tujuan Mafty, yaitu penyerangan terhadap Konferensi Adelaide.
Di sisi lain, Kenneth Sleg dari Pasukan Federasi sedang menyiapkan operasi dukungan untuk Konferensi Adelaide serta pemusnahan Mafty yang ia rancang sendiri. Di tengah persiapan itu, ia didekati oleh Handley Yoksan dari badan kepolisian kriminal untuk sebuah perjanjian rahasia.
Saat Hathaway dan Kenneth masing-masing bergerak demi tujuan mereka, Gigi pun berangkat menuju Hong Kong demi memenuhi peranannya sendiri.
