Seorang pria jatuh di padang pasir tanpa ingatan. Pria itu dibawa Kouji Kabuto dan diberi nama Daisuke. Kouji merupakan seorang peniliti energi foton dan pilot robot super Mazinger Z.
Suatu hari, fenomena misterius muncul di kota-kota besar di seluruh dunia. Pasukan Sekutu Bintang Vega menyerang dari sistem bintang yang jauh dari Bumi. Umat manusia jatuh di tangan Vega yang memiliki senjata jauh lebih hebat.
Dalam situasi putus asa, Grendizer muncul. Orang yang berada di dalamnya adalah Daisuke, yang merupakan Duke Fleed, pangeran dari planet asalnya, Fleed.
