Saat Perang Cawan Suci Keempat berkecamuk tanpa pemenang yang jelas terlihat, para Pelayan yang tersisa dan Tuan mereka dipanggil oleh pengawas Gereja Risei Kotomine, untuk bersatu dan menghadapi ancaman yang akan datang yang dapat mengungkap Perang Cawan dan membawa kehancuran Kota Fuyuki. Gencatan senjata yang tidak nyaman segera runtuh saat para Master menunjukkan bahwa mereka akan melakukan apa saja dengan kekuatan mereka, tidak peduli seberapa tercela, untuk menang.
Benih keraguan ditabur antara Kiritsugu Emiya dan Saber, Servant-nya, saat ideologi mereka yang bertentangan tentang kepahlawanan dan kesopanan berbenturan. Sementara itu, ikatan tak menyenangkan terbentuk antara Kirei Kotomine, yang masih mencari tujuan hidupnya, dan salah satu Servant yang tersisa. Saat hitungan mundur hingga akhir perang mencapai nol, biaya kemenangan mulai mengaburkan batas antara kemenangan dan kekalahan.
