Musim kedua dari anime Dr. Stone yang akan menceritakan tentang perang zaman batu antara kelompok Senkuu melawan Tsukasa.
Senkuu telah bertekad untuk mengembalikan pencapaian manusia selama dua juta tahun dan menghidupkan kembali mereka yang berubah menjadi patung. Namun, ada satu orang yang menghalanginya: Tsukasa Shishiou, yang percaya bahwa hanya mereka yang paling kuat dari mereka yang membatu yang bisa dihidupkan kembali.
Saat salju mencair dan musim semi mendekat, Senkuu dan sekutunya di Desa Ishigami menyelesaikan persiapan serangan mereka terhadap Kekaisaran Tsukasa. Dengan model ponsel yang diciptakan kembali yang kini mereka miliki, Kerajaan Sains siap meluncurkan skema terbarunya untuk merekrut jumlah pasukan Tsukasa yang cukup besar berpihak pada mereka. Namun, ini berpacu dengan waktu; karena setiap hari yang dihabiskan Kerajaan Sains untuk menyempurnakan penemuan mereka, jumlah kekaisaran bertambah dengan cepat.
Bersatu kembali dengan teman lama dan mendapatkan sekutu baru, Senkuu dan Kerajaan Sains harus menghentikan pasukan Tsukasa untuk memenuhi tujuan mereka memulihkan umat manusia dan semua ciptaannya. Dengan kedua belah pihak masing-masing mengejar dunia ideal mereka, Perang Batu kini telah berakhir. dimulai!
