Ketika iblis pemangsa daging manusia yang dapat berubah bentuk, yang dikenal sebagai “youma,” tiba di desa Raki, seorang wanita sendirian dengan mata perak masuk ke kota dengan hanya pedang di punggungnya. Dia adalah “Claymore,” makhluk yang diciptakan setengah manusia dan setengah youma, dengan tujuan khusus untuk membasmi monster-monster ini. Setelah keluarga Raki dibunuh, Claymore menyelamatkan nyawanya, tetapi dia kemudian diusir dari rumahnya. Tanpa tempat lain untuk pergi, Raki menemukan Claymore bernama Clare dan memutuskan untuk mengikuti perjalanannya.
Saat pasangan itu berkeliling dari kota ke kota, mengalahkan youma di sepanjang jalan, lebih banyak hal tentang organisasi Clare dan para pejuangnya terungkap. Dengan setiap kota dibersihkan dan setiap iblis dihancurkan, mereka semakin dekat dengan youma yang menjadi sasaran balas dendam Clare sejak dia memilih menjadi Claymore.
