Merasa puas dengan gelarnya sebagai “Anak Laki-Laki Terkuat di Dunia,” Baki Hanma menghabiskan hari-harinya dalam kebosanan yang membosankan. Setelah akhirnya menyelesaikan perselisihan dengan ayah iblisnya, Yuujirou, Baki mempertahankan gelarnya di Arena Bawah Tanah Kourakuen sambil menahan kantuk yang timbul akibat kemudahan dalam mengalahkan lawan-lawannya. Teman-teman dan mentor Baki juga kesulitan beradaptasi dengan keadaan damai ini, melakukan latihan kekuatan yang luar biasa dengan sedikit antusiasme.
Tak lama kemudian, Jepang diguncang oleh pengungkapan eksperimen sains yang telah lama direncanakan, yang berhasil mengkloning samurai legendaris Musashi Miyamoto. Pejuang terkenal ini menikmati uji kekuatan melawan Baki dan ikon-ikon pertarungan Tokyo lainnya, namun ia kesulitan beradaptasi dengan era modern. Miyamoto tetap berpegang pada idealisme kuno tentang kehormatan dan duel hingga mati, filosofi yang bertentangan dengan masa kini yang lebih tenang.
Saat pedang yang dibangkitkan kembali berusaha naik ke puncak masyarakat yang asing baginya dengan membunuh teman-teman Baki, ia menemukan dirinya berada di jalur tabrakan dengan remaja yang penuh dendam. Baki menyambut gelombang kegembiraan ini dan menghadapi rival barunya secara langsung.
