Beberapa tahun setelah The Fruit of Grisaia…
Apa yang dulunya adalah “Mihama Academy”, sebuah tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, kini telah diubah menjadi sekolah pelatihan SORD (Organisasi Khusus untuk Penelitian & Pengembangan) yang didedikasikan untuk membina bakat bela negara. Rena dan Maki ahli dalam senjata api, Tohka dan Gumi ahli dalam menembak, Chris menangani bahan peledak dan pemrosesan data, dan Murasaki adalah ninja yang terampil dalam operasi intelijen. Bersama-sama, mereka menangani kasus-kasus yang terlalu rumit bagi polisi atau Pasukan Bela Diri, dan berulang kali menghadapi misi berbahaya. Inilah kisah gadis-gadis muda yang dilukis dengan darah dan bubuk mesiu.
