Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan sekolah ini menduduki peringkat tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang ideal. Empat kelas, A sampai D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas-kelas terbaik yang menerima perlakuan istimewa.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, di mana sekolah membuang yang terburuk. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa ia ditempatkan di Kelas D secara tidak sengaja dan ingin naik ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah, Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.
Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas yang berada di peringkat bawah dapat naik peringkat jika mereka mendapat nilai lebih baik daripada siswa yang berada di peringkat atas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan tentang metode apa yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, bisakah mereka menang melawan rintangan dan mencapai puncak?
