Kebenaran yang pahit, ikatan yang kuat dan pengkhianatan terungkap dengan kemunculan organisasi misterius Illuminati.
Babak baru yang penuh gejolak akhirnya dimulai.
Rin dan kawan-kawan kembali mejalani hari-hari normalnya di Akademi Seijuuji setelah berhasil menundukkan Fujou-ou yang dihidupkan kembali di Kyoto.
Para Kesatria Salib Suci mendapat banyak permintaan konsultasi terkait setan dan kejadian aneh yang mulai menyebar ke seluruh dunia. Rin dan para kandidat bekerja sama untuk mengungkap fenomena misterius yang terjadi di sekolah.
Namun, di tengah berlangsungnya Festival Akademi Seijuuji, Lucifer, pemimpin Illuminati tiba-tiba muncul.
Lucifer menyatakan perang terhadap Kesatria Salib. Dia berencana membangkitkan Satan dan menghubungkan dunia material (Busshitsu-kai) dan dunia hampa (Kyomu-kai).
